A NAIK Gyümölcstermesztési Kutatóintézetében almástermésű, csonthéjas, héjas és bogyós fajok nemesítésével, honosításával foglalkoznak, ezen kívül, munkájuk kiterjed a művelési rendszerek adaptációjára, illetve a termőhely alkalmasságának vizsgálatára is.

Az intézet célja a nemesítéssel, hogy növeljék a termésbiztonságot, ellenállóvá tegyék a növényeket a kórokozókkal és a klimatikus kihívásokkal szemben, és hogy minél zamatosabb és szebb gyümölcsök kerülhessenek a boltok polcaira. Ehhez klasszikus nemesítési módszereket használnak: a tájszelekciót és a keresztezéses nemesítést egészítik ki molekuláris genetikai módszerekkel.

A kutatóintézet munkájának köszönhetően a génbanki gyűjteményben több ezer, a Kárpát-medencéből begyűjtött fajta található meg. A nemesítési munka eredményeként több mint száz fajta részesült állami fajtaelismerésben, 8 fajta szabadalmi oltalommal védett az EU-ban, 6 fajta Magyarországon, további 8 fajta pedig Chilében és Ausztráliában.

A gyűjteményben kiemelkedő értéket képviselnek a cseresznyefajták közel, 2 hónapos érési időszakkal. Olyan fajták jellemzik a nemesítési munkát, mint például a Tünde, ami a standard fajtákhoz képes könnyedebb húsállományú, vagy az Annus, ami nagy gyümölcsméretű és rendkívül kemény húsú. Hasonlóan fontos szerepet játszik a meggy is. A fajtaszortimentből kiemelkedik az Érdi bőtermő, mely kellemes ízével és nagy terméshozamával vált kedvenccé.

A Ceglédi kutatóállomáson 50 éve folyik a kajszi nemesítési kutatóprogram. Az újonnan nemesített fajták között megtalálható például a Ceglédi napsugár, a Ceglédi arany és a Ceglédi kedves is. A málna sokáig az egyik legnagyobb arányban termesztett gyümölcs volt Magyarországon, a Fertődi zamatos az a fajta, mely mind a mai napig igen erős a hazai és az export piacokon is.

A Gyümölcstermesztési Kutatóintézet rendelkezik egy Dísznövény-termesztési osztállyal is, ahol dísznövények és rózsafajták nemesítésével foglalkoznak.

A kutatóintézethez köthető fajtanemesítések nemcsak a hazai piacot hódították meg, de megtalálható számos EU ország, az USA, Ausztrália, Dél-afrikai Köztársaság, Chile, Japán és Kanada fajtaszortimentjében is.