A díj bevezetése előtt volt olyan szektor, amelyik – miközben a hatóság jelentős erőforrásait kötötte le –, nem járult hozzá az ellenőrzés költségeihez. Más szereplőkre viszont aránytalanul nagy teher nehezedett (pl. a hússzektorra, vágóhidakra).

Az élelmiszerláncról és hatósági felügyeletéről szóló törvény értelmében a tárca 2012 januárjától bevezette az élelmiszerellenőrzés költségeit fedező felügyeleti díjat, amelynek első részletét július 31-éig kell megfizetni. A díj az élelmiszerlánc-felügyleti szerv, azaz a Mezőgazdasági Szakigazgatási Hivatal (MgSzh) és a kormányhivatalok bevétele lesz. A díjat bevallani és befizetni is az MgSzh-hoz kell.

A felügyeleti díj nem adó, nem a központi költségvetés bevétele lesz, éppen ezért a bevételeket célzottan csak: élelmiszerbiztonságra, élelmiszerlánc- felügyelettel kapcsolatos tevékenységekre, fejlesztésekre lehet fordítani. A felügyeleti díj felhasználásáról az Országos Főállatorvos évente köteles beszámolni az Országgyűlésnek.

A felügyeleti díj bevezetése kiegyensúlyozott, arányos teherviselést eredményez a teljes élelmiszerlánc-felügyelet területén, szemben az eddigi, a hús-szektort aránytalanul terhelő díjfizetési rendszerrel. A társadalom érdekében végzett szigorú ellenőrzések kiadásokkal járnak. A díj bevezetésével minden olyan vállalkozás és vállalkozó részt vesz a hatósági-igazgatási tevékenység finanszírozásában, amelyek eddig is az élelmiszerlánc-felügyeletet végző szerv által nyújtott garanciák, szolgáltatások igénybevevői voltak. Az Európai Unió több tagállamában is hasonló elvű általános díjfizetési kötelezettség van érvényben az élelmiszerlánc szereplői között.

A felügyeleti díj bevezetésével párhuzamosan az élelmiszerlánc-felügyelet területéhez kapcsolódó igazgatási szolgáltatási díjak rendszerét is felülvizsgálja a vidékfejlesztési tárca, melynek következtében a díjak összege és száma is csökken. Az új rendszerrel az alapvető cél, hogy többen fizessenek, az eddiginél kevesebbet.

Az élelmiszerlánc szereplők teljes körű regisztrációs rendszerének kiépítése új eszköz lehet a feketegazdaság elleni küzdelemben.